崇祯二年（1629年）“己巳之变”当中崇祯拘捕了时任蓟辽督师的袁崇焕，之后进行了数月的审讯，在会审以后形成了定案，最终以如下罪状处决了袁崇焕：
“谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示，依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”

蓟辽督师袁崇焕的“种种罪恶”里只有“以谋款则斩帅”才是指的“毛文龙案”，牵涉此案的还有首辅钱龙锡。当时袁崇焕、钱龙锡同时被指控两项罪状，一是“谋款”，二是“斩帅”，所谓“谋款”就是私下密谋与后金议和，所谓“斩帅”就是谋害了毛文龙。“以谋款则斩帅”加到一起就是指控他们二人因私下与后金议和所以谋害了毛文龙。袁崇焕的结局是凌迟处决、传首九边，首辅钱龙锡的下场则是被以“论死”之名监禁，以下是《崇祯实录》的记载：
“癸亥，杀督师兵部尚书袁崇焕，处以殊死。上御暖阁，辅臣成基命等入对。久之，出御平台，文武诸臣俱入；谕曰：『袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋款不战，散遣援兵，潜移喇嘛僧入城，卿等已知之；自当依律正法。今特流其妻子、兄弟，余不问』。辅臣顿首谢。崇焕，藤县人；万历己未进士，素以韬略自诩。迨督师出镇辽东，其入援时，三日五赐金、币宣劳，亲为饮至；而迁延不战。至擅杀毛文龙，朝议纷纷，以致杀身。
甲子，谕：『旧辅钱龙锡背公逞私，密谋主款；袁崇焕疏语已露，终不奏闻。并不重罚，何以惩后！命法司拟罪』。逮至，论死。”

此两案在崇祯朝本来是定案，但清乾隆时期却发生了变故。乾隆钦定的《明史》里突然多出了“反间计”的记载，于是“袁崇焕案”便又有了新的解读。《明史·袁崇焕传》中的记载如下：
“时所入隘口乃蓟辽总理刘策所辖，而崇焕甫闻变即千里赴救，自谓有功无罪。然都人骤遭兵，怨谤纷起，谓崇焕纵敌拥兵。朝士因前通和议，诬其引敌胁和，将为城下之盟。帝颇闻之，不能无惑。会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。十二月朔再召对，遂缚下诏狱。大寿在旁，战栗失措，出即拥兵叛归。大寿尝有罪，孙承宗欲杀之，爱其才，密令崇焕救解。大寿以故德崇焕，惧并诛遂叛。帝取崇焕狱中手书，往召大寿，乃归命。

方崇焕在朝，尝与大学士钱龙锡语，微及欲杀毛文龙状。及崇焕欲成和议，龙锡尝移书止之。龙锡故主定逆案，魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷辈谋兴大狱，为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪。捷首疏力攻，褷、弘勋继之，必欲并诛龙锡。法司坐崇焕谋叛，龙锡亦论死。三年八月，遂磔崇焕于市，兄弟妻子流三千里，籍其家。崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之。
崇焕既缚，大寿溃而去。武经略满桂以趣战急，与大清兵战，竟死，去缚崇焕时甫半月。初，崇焕妄杀文龙，至是帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”

有上述记载可知，清朝官修的《明史》对“袁崇焕案”有了颠覆性的解读，袁崇焕不仅是因为崇祯中了反间计而被误杀，而且还和钱龙锡一起被阉党陷害，按照《明史》的叙述，冤杀袁崇焕以后，明朝就面临了“边事益无人，明亡征决矣”的尴尬境地。清乾隆四十九年(1784年)，乾隆特意下诏为袁崇焕平反，《清高宗实录》有如下记载：
“袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”

至此，“袁崇焕案”在清乾隆时期彻底翻案，袁崇焕所涉及的指控都有了新的说辞：

“托付不效”变成了“但尚能忠于所事”，
“谋款不战”变成了“会我大清设间……帝信之不疑”，
“纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散”变成了“千里赴救，自谓有功无罪”
“谋款则斩帅”变成了“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。

整个案情可谓来了个惊天大逆转。于是，袁崇焕由误国的罪臣变成了蒙冤的忠良。在这番逆转之后，崇祯成为了中反间计而误杀忠良的昏君，明朝整个朝廷也因阉党复仇陷害忠良成了奸党当道，完全符合了“主暗政昏”的评价，这样的解读不免流露出几分王朝更替的气象，使后来的“帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”之结果显得很顺理成章。
“袁崇焕案”自清乾隆时期有了重新解读以后便被许多后来的历史研究者所沿用，甚至进入了一些文学作品，比如金庸的《碧血剑》，其中就是以“忠良之后”来描写袁崇焕之子袁承志的。

是否真有“袁承志”其人？袁崇焕是否是忠良？案情背后的历史真相又会否真如清编纂的《明史》所言有所谓“反间计”？这一切都需要考证以后方能断言，而在考证之前都只能算是一家之言。而即便是乾隆钦定的《明史》中也仍然有一句话显得很蹊跷，即“崇焕妄杀文龙，至是帝误杀崇焕”，这句话似乎本身就是矛盾的，既然袁崇焕杀毛文龙是“妄杀”，那崇祯以擅杀毛文龙之罪名杀袁崇焕又怎么会是“误杀”呢？这样的争议一直持续到了今天。
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