在海兰泡大屠杀进行的同时，沙俄另派出军队在江东六十四屯展开扫荡。格里布斯基亲率骑兵，焚烧补丁屯，凿沉渡船，将未能逃离的二十八屯居民集中于一间大屋中，纵火焚烧，大部分人被活活烧死。俄军四处纵火，烧毁房屋，枪杀居民，仅在博尔多屯一地就杀害了上千人。最后又将未来得及过江的居民全部驱赶至江中淹死，侥幸生还者仅60至70人，江东六十四屯大屠杀又有约2000名中国人遇难。7月21日，江东六十四屯被俄军全部占领，屯中到处是失去主人的牛、马、猪、鸡等家畜。俄军在废墟上组织了一场“真正的围猎”，当局还为这场围猎发行了特殊的证券。此外，在伊尔库茨克、尼布楚、伯力、海参崴、斯列田斯克、双城子、库页岛及黑龙江以北、乌苏里江以东其他地区，沙俄对当地的中国居民也展开了同样的大屠杀，遇害的中国居民数量不下20万。
海兰泡和江东六十四屯遇难者的尸体漂浮在黑龙江水面，直到三星期后还有尸体上浮，仅在一个小沙嘴上，就有浮尸150具。江水上漂浮着一层油，已经不能够饮用。尸体腐败散发的气体严重地污染了空气，散发着奇臭。
8月17日，阿穆尔总督宣布：根据《瑷珲条约》规定，一直归中国当局管辖的前满洲外结雅地区（江东六十四屯）已归我国当局管辖，凡离开我方河岸的中国居民，不准重返外结雅地区，他们的土地交给我方，供其专用。