| 送交者: 王文清[♂★★★棋圣★★★♂] 于 2020-04-09 23:00 已读 3260 次 1 赞 | 王文清的个人频道 |
新冠病毒演化和迁移简史，始祖病毒最早出现在武汉；低抗体滴度亦有保护性
以下文章来源于Hanson临床科研 ，作者王宇歌 博士 6park.comHanson临床科研由在美国的医学科学家主持，致力于通过解读经典论文和专家述评，分享医学研究进展；通过解析SCI论文，分享和推广临床科研设计与临床论文写作规范；提供美中医学生物科学家的交流平台。 6park.com关键词：新型冠状病毒病；新冠病毒；演化；迁移；Hanson解读 6park.com
有两个基于Nextstrain的新型冠状病毒演化和迁移研究十分有意思： 6park.com1. 基于GitHub平台的Nextstrian在这次COVID-19疫情中立了大功，它从第一个GISAID病毒序列追踪到现在所有的病毒序列，我的第一个关于新型冠状病毒的微博也是分析了Nextstrain序列。基于Nextstrain的一项研究发表在PNAS。6park.com这篇文章十分有趣，跟之前北京大学的L/S亚型研究有类似之处。英国剑桥大学研究人员应用12月24日至3月4日Nextstrain数据库1001个病毒序列，发现新型冠状病毒根据氨基酸变异有A（T29095C）, B（T8782C/C28144T）, C（G26144T）三类variants（变异体或“簇”）。其中A为始祖病毒。 研究发现A最早出现于武汉，但之后主要分布在北美和澳大利亚（15/33）。 6park.com 6park.comB是A的后代，主要分布在武汉并蔓延至整个东亚。但B突变缓慢，B在突变之前始终没有能够传播到东亚以外地区，直到B发生了突变才逐渐在亚洲以外传播。因此，东亚以外的环境及宿主免疫因素可能使B病毒本身难以传播，研究人员管这叫“始祖效应”，这一效应在HIV也可见。而之前北京大学基于GISAID数据得出的L/S亚型研究同样发现，S是L的祖先，但是武汉只有1个S序列，剩余26个均为L。也就是武汉局部流行的是始祖病毒的后代。因此我猜除了最早的病毒序列A（可能是第一个上传的序列），之后武汉的病毒序列同源性均较高（B），而从A到B之间的窗口期是病毒跨境传播的关键时期。 6park.comC是B的后代，主要分布在欧洲、美国加州、巴西、新加坡及中国大陆以外的香港和台湾，有趣的是武汉并没有C。更为重要的是，研究发现最早进入意大利的病毒是1月27日从德国输入的，同时早期在意大利流行的病毒来源于新加坡。 2. 另一个关于Nextstrain的结果被纽约时报报道，研究发现纽约的新型冠状病毒主要来源于欧洲。 6park.com 6park.com而纽约时报在3月22日报道猜测纽约的病毒可能直接来源于武汉，因为平均每个月有900人从武汉赴纽约。这一研究否认了该猜测。 6park.com 6park.com 资料来源：
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117；
https://www.nytimes.com/2020/04/08/science/new-york-coronavirus-cases-europe-genomes.html
新冠肺炎患者抗体产生具有普遍性，低抗体滴度亦有保护性
荷兰Erasmus医学中心在medRxiv上传了一篇文章报道了新型冠状病毒SARS-CoV-2的ELISA试剂盒抗体的准确性研究，题目是“SARS-CoV-2 specific antibody responses in COVID-19 patients”，反驳了网络流传“低抗体滴度可能引发再次感染”，著名免疫学家Shane Crotty也转发了这个研究。 6park.com研究应用了评价抗体反应的金标准PRNT来验证ELISA法。研究首先应用PRNT验证了患者是否发生抗体转化，而后应用实验室的ELISA试剂盒评价了3名法国感染者不同时期的10个血清样本。感染后13-21天，3名患者发生了血清转化。而抗体反应主要针对SARS-CoV-2的S1和RBD，以及N蛋白。S1亚基更具有特异性，S2亚基在冠状病毒中十分保守，因此可以介导交叉抗体反应。 6park.com而后研究应用ELISA商业试剂盒（Euroimmun）检测S1特异性IgG和IgA反应，研究发现3名患者均具有抗体反应。研究进一步检测了9名德国患者发病后3-23天31个血清样品，PRNT发现9名患者均发生了抗体转化，但ELISA发现8名患者可以被试剂盒检测出阳性，1名患者的血清抗体反应在试剂盒检测临界值以下，这可能是由于该患者抗体应答本身较低。但总体而言，IgA ELISA试剂盒比IgG ELISA试剂盒更敏感。 6park.com最后，研究计算了作为金标准的PRNT方法和ELISA方法的相关性，研究发现PRNT与实验室或商业ELISA均具有良好相关性，提示ELISA试剂盒是一个检测SARS-CoV-2血清反应的良好方法。 6park.com从这项研究可以看出，抗体产生具有普遍性。而更大样本量队列研究和回顾性研究可能可以提供更准确的ELISA灵敏度数据。 全文链接： 从事新冠肺炎抗体研究的学者，或者对于评估抗体检测试剂盒有兴趣的朋友，可以点击下面链接直接获取原文。https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.18.20038059v1 6park.com
贴主:王文清于2020_04_09 23:07:06编辑
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