林顿·约翰逊太空中心是美国国家航空航天局属下的一个机构，从1961年开始它负责协调管理美国的载人航天任务，它位于德克萨斯州休斯敦。
美国国家航空航天局的任务控制总部位于林顿·约翰逊太空中心。从1965年双子星4号以来所有美国国家航空航天局的载人航空任务全部是从这里指挥的。此前的水星任务是从位于弗吉尼亚州的兰利研究中心指挥的。
目前林顿·约翰逊太空中心负责控制航天飞机的飞行和国际空间站的状态。此外林顿·约翰逊太空中心还有美国宇航员训练中心，整个设施占地655公顷，有1.4万多名职员

1961年5月美国总统约翰·肯尼迪宣布美国将在一个十年内将人送上月球，然后再重新安全地将他返回地球后美国国家航空航天局开始筹备建立一个新的、集中和管理阿波罗计划的中心。
1961年8月美国国家航空航天局局长詹姆斯·韦伯组织了一个四人小组来寻找这个新中心的地址。一开始有23个候选地，小组对所有地点进行约两周的考察后还剩下了9个地方。
小组最赞成的地方是佛罗里达州坦帕的一个空军基地，此后是休斯敦和加利福尼亚州贝尼西的一个仓库。由于空军打消了关闭其基地的计划因此美国国家航空航天局决定新中心将在休斯敦建成。1961年9月19日詹姆斯·韦伯宣布此结果。三天后美国国家航空航天局的代表就已经进驻休斯敦了。
林顿·约翰逊太空中心的成立日是1961年10月24日，当时它的名字是载人宇航飞行中心。当日一个美国国家航空航天局的小组在市西的一座购货中心里的两个空着的衣店里设立了最早的办公室。休斯敦对于在本市建立这个中心极其热心。当地的公司免费地将这些屋子改造成办公室。大陆航空甚至将其空中小姐借给美国国家航空航天局作为招待员。
赖斯大学将一块空地送给了美国国家航空航天局，林顿·约翰逊太空中心就是在这块地上建起的。至此为止这里是牧场。这块地位于休斯敦东南。本来是属于一个小城，1977年被并入休斯敦。此外美国国家航空航天局还买了一块240公顷的有高速公路连接的地。
在新中心建造过程中，为了尽快开始工作，林顿·约翰逊太空中心向当地的公司借了十来座办公楼。比如休斯敦大学内部电视台的播音室被用作电脑中心。机器厂则暂时建在一个饮料厂中。大多数职员在一个老空军机场的棚子里工作。美国国家航空航天局内部有标有各处的地点的特别地图。
1962年3月1日林顿·约翰逊太空中心的指导罗伯特·吉尔鲁斯入驻他的办公室，林顿·约翰逊太空中心开始运行。一年后新中心的计划工作完成，1962年12月其11座建筑开建。在林顿·约翰逊太空中心建成后的第一年里它共有6000万美元的资金。一年后新中心建成，其2100名职员开始在新中心里工作。
为纪念美国前总统林登·约翰逊1973年2月17日该中心改名为林顿·约翰逊太空中心。